#!/usr/bin/env python3
"""
count_stats.py
读取一个 CSV 格式的基因表达计数矩阵，计算每个样本的总计数、平均值和标准差
用法: python count_stats.py counts.csv output_stats.tsv
counts.csv 格式：第一列为基因ID，后续列为各样本的计数
"""
import sys
import pandas as pd

def compute_stats(infile, outfile):
	df = pd.read_csv(infile, index_col=0)
	stats = df.agg(['sum', 'mean', 'std'])
	stats.to_csv(outfile, sep="\t")
	print("统计结果已保存到", outfile)

if __name__ == "__main__":
	if len(sys.argv) != 3:
		print("用法: python count_stats.py counts.csv output_stats.tsv")
		sys.exit(1)
	compute_stats(sys.argv[1], sys.argv[2])